亳州市华佗中医院建于1956年， 2000年获批“二级甲等中医医院”和“全省示范中医院”，2013年底通过二甲复审。是安徽省“北华佗、南新安”中医发展战略的重点建设单位。2013年纳入省中管局“省市共建、市区共管”的建设规划。 2002年及2004年被中共亳州市委、亳州市人民政府授予亳州市第一届和第二届“文明单位”、2003年被省人事厅、省卫生厅授予“全省卫生系统先进集体”称号，四个科室获得市级“青年文明号”光荣称号。

华佗中医院系集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的二甲中医医院。现有州后街院区、文帝街院区、涡北院区（在建）三个院区。在用院区占地面积1万多㎡，建筑面积2.5万㎡，医疗用房2.4万㎡，床位630张，临床科室20个（州后街院区：急诊科、ICU、妇产科、骨伤一科、骨伤二科、外一科、外二科、肛肠科、肺病科、儿科；文帝街院区：针推科、肿瘤科 、肝病科、精神科、脑病科、糖尿病科、心血管病科、眼科、口腔科、疮疡科、耳鼻喉科）。拥有核磁共振、16排螺旋CT、四维高清彩超、全自动生化仪、眼科激光治疗仪、数字胃肠、PCR、C臂、DR等大中型医疗专业设备数十台(套)。

医院 “国医堂”设有华佗医学研究所、亳州市首个国医大师工作室——唐祖宣国医大师工作室、杨从鑫全国第五批名老中医药传承工作室和2个省级名中医工作室，该院有国家级名老中医1名，省级名中医3名，江淮名医1名，市级名老中医2名，市级名中医6名，6位专家享受市政府特殊津贴。 医院现拥有9个省市级重点专科，其中肝病科、骨伤科、眼科、颈肩腰腿痛为省级重点专科（专病），肝病科被列为国家重点专科协作组成员单位；脑病科、肺病科、肿瘤科、糖尿病科、针灸推拿科成为市级重点专科，心血管内科、急诊科为在建市级重点专科。

雄关漫道真如铁，而今迈步从头越。华佗人将继续发扬传统特色学科的优势，不断加强基础设施建设，大力实施人才强院工程，朝着三级甲等中医院努力奋进！