上海市儿童医院的前身是“难童医院”，由我国著名儿科专家富文寿、中国现代儿童营养学创始人苏祖斐等前辈创建于1937年。院名、院址历经变迁，于1954年与上海市儿童保健院合并更名为上海市儿童医院，2003年3月又正式成为上海交通大学附属儿童医院。这里曾经孕育了一批蜚声国内外的儿科专家，是中国现代小儿外科的发祥地之一；是上海交通大学医学院博士点及博士后流动站；先后成为复旦大学上海医学院、第二军医大学、同济大学的教学医院；拥有一批重点学科，是一所集医疗、教学、科研、保健、康复于一体的三级甲等综合性儿童医院；是上海市文明单位。
医院核定床位300张，年平均门诊量60余万人次、住院病人每年万余人次。专业设置齐全，主要有儿内科（新生儿、呼吸、消化、血液、肾脏、神经、内分泌、心血管内科、感染）、儿外科（普外、新生儿外科、泌尿外科、骨科、胸心外科、神经外科）、病理科、检验科、影像科、麻醉科、中医科、五官科、皮肤科、口腔科。设有在国内外颇有影响的上海医学遗传研究所；有全市儿童保健机构上海市儿童保健所及儿童营养研究室；还设有上海市儿童急救中心、上海市儿童康复中心、上海市儿童听力障碍监测与康复中心等。全院职工700余名，拥有中国工程院院士1名，博士生导师3名，硕士生导师12名，高级职称以上专家近90名。医院还拥有一批全国“五一”劳动奖状先进集体、全国先进工作者、全国“五一”劳动奖章获得者、上海市劳动模范、上海市先进女职工标兵等优秀医务人员。
医院仪器设备先进，拥有双排螺旋CT、数字胃肠机、心血管造影仪、1250毫安X线机、血透仪、全自动生化仪、全自动血培养仪、全自动血球分析仪、变态反应检测仪、彩色超声诊断仪、多台多功能进口呼吸机、双壁分帘式早产儿培养箱、新生儿早产护救监护台、进口麻醉机、心脏运动平板机、消化道内窥镜、肺功能机、脑血流仪等，建立了ICU中央监护网络和新生儿重症网络转运系统。医院承担“863”、“973”等国家重点攻关项目、国家自然科学基金重大项目，国际合作重大项目，市科委基础研究重大项目，卫生局青年科研基金项目。一批中青年骨干进入市科技启明星计划、上海市卫生局百人培养计划。30多次荣获国家级、部委级和上海市的重大科技成果奖，其中包括国家科技进步奖二等奖三次、卫生部科技进步奖甲等奖三次、上海市科技进步一等奖四次，2000年获得了首届上海市卫生事业管理成果奖，市银蛇奖获得者2人。每年在核心期刊发表论文80余篇，SCI收录10余篇。上海市儿童急救中心抢救成功率达92%，小于1500克极低出生体重儿成活率85%；小儿肾内科擅长各型小儿疑难肾脏疾病的诊疗和抢救，现有肾脏病实验室、肾穿刺室、腹透和血液透析室，共做肾穿刺活检2500余例；非麻醉下婴儿肾穿刺成功率99.5%；泌尿外科能完成先天性泌尿生殖系统畸形，复杂的肾、膀胱、输尿管梗阻，泌尿系统肿瘤及尿道外伤等各种高难度小儿泌尿外科手术。骨科对儿童各类先天性畸形及大脑瘫痪后遗症的矫治、四肢创伤骨折的整复和治疗、骨关节的遗传性代谢性疾病和骨肿瘤的治疗等处于国内先水平。其次，还拥有本市第一家儿童矫形支具制作室，对特发性脊柱侧弯、先天性马蹄内翻足、儿童扁平外翻足及四肢先天性畸形等疾病，用矫形支具进行治疗，取得了良好的效果。心内科于1978年开展了心导管及造影术，至今已成功进行数千例，1983年起在国内率先开展心脏介入治疗，曾获卫生系统科技进步三等奖。近年来，开展心内电生理检查和射频消融术，取得了一定的成绩。还擅长于对川崎病、儿童类风湿性关节炎等疑难杂症的诊治。
医院推行生理--心理一体化护理模式，护理技术精良。著名科学家、中国工程院院士曾溢滔教授领衔的上海医学遗传研究所，是一所国内外颇有影响的研究所，成立于1978年，是卫生部医学胚胎分子生物学和上海市胚胎和生殖工程重点实验室，该所始终瞄准国际最前沿的学科领域，在血红蛋白疾病、基因诊断、基因治疗基因表达调控和干细胞研究以及转基因动物制药等方面，取得了一系列令世人瞩目的重大成果，也是我国第一个获得美国国立卫生研究院科学基金的科研机构。在国内外激烈的科技竞争中，铸就了一支勇于创新、奋发拼搏的科研集体。近年来在转基因动物研究中取得重大突破，将转基因工程与胚胎工程有机地结合，已成功培育出我国第一头乳汁中表达人凝血因子Ⅸ蛋白的转基因山羊和国际上首例整合了人血清蛋白基因的转基因试管牛，为建立“动物药厂”迈出了坚实的一步，在1998、1999连续两年被580余位两院院士评为中国科技十大进展之一；研究证明人类干细胞可存活于山羊体内成果入选2006年度“中国基础研究十大新闻”上海市儿童保健所是全市儿童保健业务指导中心，开设营养性疾病的咨询与诊治，口腔保健，听力及弱视筛查，智力测试，智力低下和学习困难门诊等。
上海市儿童康复中心，主要收治脑炎后遗症、神经性偏瘫、视神经萎缩、各类型小儿脑瘫和心肌炎等各种原因引起的运动功能障碍及缺血缺氧性改变的患儿。新生儿筛查中心承担全市新生儿各项筛查项目。从1954年起，医院先后承担原上海第二医科大学、复旦大学医学院、第二军医大学、同济大学医学院等4所医学院校本科生教学及实习生带教工作；同时还担负着同济大学护理系、职工医学院护理系大专生及上海市卫生学校、护校等中专生的带教任务。每年举办国家级、市级继续教育学习班十余期。近年来，医院采取“走出去，请进来”的方法，依靠医院内外力量，积极拓展对外合作渠道，国际交流日益增多。先后与国际毕业后医学继续教育组织(IPOKPaTES)合作，积极参于国际研究生教育训练项目，成功举办国际新生儿、早产儿急救医学研讨班；与美国加利福尼亚州大学尔湾医学院签署了长期友好合作协议，双方将互派医师进行培训、交流；与英国儿童保健组织理事会协作进行儿童营养不良/肥胖及其预防等研究。
迄今为止，医院已与联合国儿童基金会、美国NIH、英国、澳大利亚、日本、加拿大、奥地利、德国和瑞典等国家建立了协作交流关系和友好往来，这对于提高医院医疗质量、科研水平和医院在国际上的知名度起到了积极作用。“敢立潮头破巨浪，直挂云帆济苍生”。医院始终贯彻“以病人为中心、以医疗为重点、以质量为生命”的办院宗旨，树立“以病人为中心，以人为本，人性化服务”的服务理念，不断提高医疗及服务质量。在改革开放的过程中，勇于开拓，大胆创新，充分利用人才、技术、设备优势，开展新业务、新技术，不断拓展自身发展空间，积极组织学科调整、建设和发展。七十年沧桑巨变、七十年爱心不变。医院正沐浴着改革的春风，在建设和谐社会的伟大实践中，朝着亚洲一流医疗中心的目标大踏步地迈进。
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