长宁区同仁医院创建于清同治五年（1866年），是上海地区成立最早的近代医院之一，为美国圣公会所办的教会医院，曾经是圣约翰大学医学院的附属教学医院，首任院长文恒理最初在今塘沽路大名路附近设立以门诊为主的诊疗所，取名同仁医局，两年后扩大规模更名为同仁医馆，1880年医院再加扩大，定名为同仁医院，当时床位仅19张，后几度迁址，1947年9月，定址今万航渡路1561号。该院所需经费极大部分依靠国内外社会各界的捐助，资金相当拮据，发展困难，许多病房为铁皮活动简房。解放初期，年门急诊量仅2万人次。解放后，人民政府加强对该医院进行扶植，1955年，上海市人民政府卫生局正式接管该院，定名为上海同仁医院，同时兴建1200平方米的医疗用房，床位从79张增到119张。同年，国家副主席宋庆龄视察了该院的小儿科病房，对医院的卫生、消防、工会等工作给予了极大的关心。

1957年，该院划归长宁区政府领导，改名为上海市长宁区同仁医院，1966年文革期间，更名为东方医院。1977年，医院迁址于上海市愚圆路786号，1979年恢复同仁医院院名，床位增加到200张。1988年，新建了建筑面积达5870平方米的八层病房大楼，床位增到330张。同年，该院成立了圣约翰大学医学院校友会顾问团，指导、支持和协助同仁医院医疗业务的开拓和专业技术的培训工作，承担了各科疑难病例的会诊，重大手术的决策，手术指导和示范，1989年，顾问团帮助该院开设了心血管内科病房。同年，该院成功地施行了心脏二尖瓣狭窄分离术，在同级区属医院中为领先。1992年，被市卫生局批准为第二医科大学的教学医院，每年接纳第二医科大学、上海职工医学院、松江卫生学校等大中专生的实习，承担医疗、放射、护理等教学工作。1994年，该院评为二级甲等医院，同年，急诊大楼建成启用。1995年又通过教学医院的验收。

目前，医院占地面积3908.32平方米，使用建筑面积17303.4平方米，固定资产5887万元，已走过一百多年历程的同仁医院现已发展为医疗、教学、科研、预防为一体的综合性二级甲等医院，长宁区文明单位。