北京妇产医院创建于1959年6月6日，其前身是直属中央卫生部的北京妇幼保健实验院，我国杰出的妇产学科奠基人林巧稚为北京妇产医院首任院长。1994年被首都医科大学批准为附属医院，并更名为首都医科大学附属北京妇产医院。2002年6月由北京市政府投资兴建的集北京市妇女保健所、北京市儿童保健所、北京市计划生育技术研究指导所、北京妇产医院功能为一体的北京妇幼保健院，在朝阳区团结湖院区落成。医院随之更名为首都医科大学附属北京妇产医院 北京妇幼保健院。
医院科研教学成果丰硕，培养市级科技新星人才7人，局级优秀人才26人，北京市“十百千”卫生优秀人才15人（其中十层次1人、百层次14人）；局级学科带头人1人、学科骨干3人；培养博士、硕士研究生301名。近5年获得国家自然基金、十五攻关课题、部委级课题、科技新星资助等科研课题130多项、资金5100多万元，获得国家、部委、市级科研成果奖12项，在国内外发表论文1200余篇、SCI论文60余篇，出版专著21部。医院先后与100多个国家进行学术交流，接待来访外宾12000余人次，选派医务人员出国学习、考察460余人次，多渠道、多领域、多学科的开展友好往来，提高了医院的国际知名度。
多年来，医院先后荣获全国卫生系统卫生文化建设先进单位、全国心系新生命宣传教育活动先进单位、首都建设文明单位、首都民族团结进步先进集体、北京市健康促进医院、北京市爱国卫生先进单位、北京市“三八”红旗集体、北京市平安医院等荣誉称号。 面对新的征程，医院将传承林巧稚精神，弘扬“德、爱、精、勤”院训精神，全院职工团结协作、顽强拼搏、开拓进取，以爱心和责任心守护妇儿健康，为创建国内一流、国际知名的现代化医院而努力奋斗。
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