玉树州藏医院始建于1980年，于1982年正式开诊运营，是青海省起步较早、发展较快的民族医医院，2018年被评为“三级乙等”民族医医院，是集医疗、教学、科研、藏药制剂生产为一体的新型综合性民族医医院，是全州藏医业务技术和理论的指导单位。

医院目前设有7个医疗科室：肝病专科、药浴专科、综合内科、心脑科、妇科、外治科、治未病中心；3个医技科室：检验科、功能科、放射科；辅助科室主要有制剂中心。其中肝病专科是国家级重点专科，药浴专科是省级重点专科。外治科13项外治项目临床疗效显著，临床疗效评估及患者适用率较高；今年引进妇科、心脑科设备，采用藏西医结合治疗开展新技术5项：臭氧雾化治疗、藏药药膏贴敷疗法、盐敷疗法、阴道灌洗上药和“藏医坛轮疗法”。新技术的开展为患者的治疗、康复和预后带来了福音。

制剂中心生产藏药制剂品种达200余种，年产值超过15吨左右，有165种藏药制剂取得制剂注册文号，多次完成传统藏药佐太炮制工作，确定传承人。加强 “治未病”专科的内涵建设，积极培育技术力量，提高服务能力。

医院及研究所研究人员致力于藏医药古籍文献的搜集、整理和抢救工作，1994年搜集整理《帝玛.丹增朋措医著选集》获得省级科技进步奖，2015年高标准编辑出版《嘎玛曲嘉益西久美医著集》。2015年州藏医院“五味甘露加咔嚓药小叶毛球犹（帕毛囊宝）审批为2015年青海省中藏医药研究课题项目。

藏医药文化馆、曼唐室、科教室、图书馆、资料室、藏药标本室、园艺文化建设等有序开展，提升了医院民族文化氛围。使各族群众了解藏医药文化，增进各民族间的团结和友谊，促进社会主义精神文明建设。

多年来全院干部职工团结协作，顽强拼搏，凝心聚力、攻坚克难，提升核心竞争力，先后被评为“全省卫生工作先进集体”、 “玉树抗震救灾医疗救助优秀护理集体”、“青海玉树4.14地震抗震救灾特别奉献团体”、“抗震救灾先进集体”、 “2014年玉树州卫生目标责任考核优秀单位”、“玉树州先进基层党组织”、 “玉树州精神文明单位”、“全国少数民族医药工作表现突出集体”，赢得社会各界的广泛赞誉和人民群众的高度认可。